位置と構造
中央化された手術室は各施設により構造、配置の違いはあるが、塵埃（ほこりのこと）、騒音を避け、各病棟、その他の施設と連絡の取りやすい場所に位置することが望ましい。
手術室
手術室は手術室内への微生物の侵入を最小限に抑えるため、作業内容によって非清潔区域、準清潔区域、域清潔区域の３つの区域に分けることが出来る。
- 非清潔区域：非清潔区域は手術室への入口や更衣室など、外部からの侵入経路となる場所である。これは、手術室外の人々や物品が最初に入る場所であり、外部の微生物が侵入しやすいため、非清潔区域と定義される。一般的な衣服を着用した状態での立ち入りが可能であり、手術室専用のユニフォーム、帽子、履物への着替え前の区域に相当する。
- 準清潔区域：清潔区域から非清潔区域までの通過区域や器材・機械類の保管場所など、手術室専用のユニフォーム、帽子、履物が必要
- 清潔区域：手術が行われ、滅菌された物品が取り扱われる区域。手術室専用のユニフォーム、帽子、マスクの着用が義務付けられている。
空調
感染防止の観点から高性能フィルターで清浄な空気の供給が維持され、室外からの空気が直接入らないようにする。
空気の流れは清潔度の高いところから低いほうへ、また一つの方向へと流れることが望ましい。
さらに麻酔ガスに対する余剰ガスの排出やエアコンディショナーの設置も重要である。
人の出入りは空気の乱流を起こしたり、室内の清浄度が低下する原因となるため、入室する人数を制限する。
室温・湿度
室温は22～26℃、湿度は50～60%に保持する。
照明
室内全体の照明と手術部位の照明が必要である。
手術部位の照明は広い範囲から光を出して一点を常に一定の明るさで照らすことが出来、影の出来ない無影灯を用いる。
手術部位の照明は５万～１０万ルクス以上が必要である。
手指消毒
手指消毒に使用する水は滅菌水を用いる